Identificazione batteri e funghi con il DNA barcoding


(#
BombaMIXDNAbarcodingservice)


Marcatori DNA barcoding impiegati*

Bacteria = 16S gene ribosomiale (regioni da V1-V6, c.a. 700 bp)

Funghi = Spaziatori Interni Trascritti, ITS-TOTALE (ITS1 e 2 comprensivo del gene ribosomale 5.8S, c.a. 650 bp)


Il SERVIZIO consiste nell'amplificazione del marcatore di DNA barcoding a partire da colonia microlisata utilizzando primer universali* (16S gene ribosomiale, Marchesi et al. 1998; ITS, White et al. 1990) successivo sequenziamento del DNA attraverso il metodo Sanger (sequenziamento classico) ed analisi bioinformatica che permette di risalire al genere e/o specie di appartenenza del microrganismo analizzato.


 *, è possibile anche richiedere un marcatore diverso se si ha l'esigenza. Per esempio, per i batteri: Chaperonina 60 (cpn60) o la RNA polymerase β subunit gene (rpoB); per i funghi: LSU (28S), RNA polymerase RPB1 e il parte del gene Mcm7 (MS456).


 Nel dettaglio, l’analisi è comprensiva di:

1)       lisi da colonia con buffer #BombaMIX;

2)       amplificazione con #BombaMIX e con primer universali** per il gene 16S per analisi batterica  o ITS-TOTALE per analisi fungina;

3)       purificazione del prodotto amplificato ottenuto;

4)       reazione di sequenza con un primer attraverso il metodo Sanger (basi nucleotidiche garantite 500 bp) x 2 (prima reazione con primer forward o senso e seconda con il primer reverse o antisenso);

5)       corsa elettroforetica delle due reazioni  su sequenziatore automatico (3130 Genetic Analyzer);

6)       analisi della traccia elettroforetica (raw data) ed editing della sequenza nucleotidica ottenuta;

7)       analisi bioinformatica attraverso le banche dati di DNA barcoding (BOLD, GenBank, etc.).

 Per ogni dettaglio aggiuntivo, curiosità o dubbi, contattaci ad info@dnatech-spinoff.it

 

§, si accetta anche DNA genomico estratto e quantificato via gel elettroforetico e/o tramite Qubit (40 ng in 6 uL, conc. 5 ng/uL). Eventuale stima della purezza attraverso lettura dei rapporti a 260/280 e 260/230. Per dettagli, contattaci.

**, i primer seppure universali potrebbero non riconoscere tutte le specie.

 

Requisiti della colonia

Per ogni batterio/fungo da tipizzare, inviare in tubini da 0,2 mL una colonia in 50 ul in acqua sterile (vedi protocollo #BombaMIX). Attenzione di prelevare una singola colonia altrimenti vi potranno essere contaminazioni che renderanno illeggibile la sequenza di DNA.

Spedizione dei campioni

I campioni devono essere inviati ad una temperatura di 4 gradi per evitare rischi di degradazione. Si può utilizzare il ritiro in sede se risiedi in Campania attraverso il nostro corriere (#DNATechExpress) con un piccolo costo aggiuntivo di 20 -EURO  (IVA escl.).


Costi & Tempi

Costo 50 -EUR/campione* (IVA escl.). Nei casi in cui non si vada oltre la fase di amplificazione, verrà addebitato solo il costo delle attività svolte, pari a 20 -EURO (IVA escl.) a campione. 

A seconda dell’arrivo del campione presso il nostro laboratorio, considera dai 2-3 giorni per l'invio dei risultati tramite posta elettronica. Per info, contattaci.

*,  prezzo soggetto a sconto in funzione del numero di campioni da processare. Contattaci per un preventivo personalizzato.




 
SERVIZIO AGGIUNTIVO

Attenzione! ....se hai notato che nel tuo cibo o negli ambienti in cui vivi ci sono delle muffe o strani germetti e vuoi sapere che cosa sono, contattaci che ci pensiamo noi ad isolarli e a  procedere con il nostro protocollo di identificazione molecolare.