Identificazione di organismi vegetali attraverso il DNA barcoding

(#DNABarcodingservice - DNA Verity TEST® )

Il SERVIZIO consiste nell’identificazione molecolare del DNA da campioni vegetali da matrici di diversa natura. DNA Verity TEST® (DVT) risulta essere un protocollo standardizzato che determina un test molecolare rapido ed attendibile in grado di caratterizzare e/o confermare la specie* vegetale presente nella matrice analizzata.

*, l’identificazione della specie avviene in funzione dei dati di sequenza presenti nelle banche dati internazionali (vedi punto 4). Per cui nell’eventualità, seppur rara, della mancanza della specie in banca dati, la caratterizzazione potrà essere a livello superiore di specie (p.es. genere). Inoltre l'identificazione della specie dipende anche dalla variabilità intrinseca dei marcatori utilizzati e questo può comportare che talvolta si possa circoscrivere il risultato non ad una sola entità specifica.

DNA plastidiale (cpDNA)

Parte variabile del gene della subunità maggiore della RuBiSCO (rbcL) + parte variabile del gene maturasiK (matK) o spaziatore intragenico del psbA- trnH^(GUG).

DNA nucleare (nrDNA)

 Secondo spaziatore interno trascritto della DNA ribosomale (ITS2).

**, il numero può variare in funzione dei risultati ottenuti.

Descrizione del Servizio DNA Verity TEST®

(1) estrazione del DNA da differenti tipologie di matrici*** in cui si presume la presenza di DNA vegetale di piante superiori o da tessuti**** vegetali in cui non è possibile risalire alla specie; (2) amplificazione e sequenziamento con chimica Sanger di due e/o tre**** parti specifiche del DNA definite marcatori DNA barcoding approvati dal Consortium for the Barcode of Life (CBOL, 2009; iBOL, 2021) per la caratterizzazione tassonomica della/e specie presente nel campione; (3) confronto con banche dati di DNA internazionali (BOLD e GenBank) ed aziendale che permettano di rilevare la natura tassonomica delle specie/generi presenti e/o i livelli di contaminazione.

 ***, quantitativo analizzato è pari a pochi milligrammi (da 10 a 250 mg a campione a seconda dello stato di idratazione). Per quantitativi diversi, si può prevedere un preventivo personalizzato.

****, il numero può variare in funzione dei risultati ottenuti.

Spedizione dei campioni

Si può utilizzare il ritiro in sede se risiedi in Campania attraverso il nostro corriere (#DNATechExpress) con un piccolo costo aggiuntivo  da concordare in funzione della distanza (per esempio 25 -EURO per Napoli, 35 -EURO in provincia di Napoli e Caserta). Tutti gli esempi sono IVA esclusa.

Costi & Tempi

Costo a partire da 100 –EURO***** (IVA escl.) a campione.

Nei casi in cui non si vada oltre la fase di amplificazione verrà addebitato solo il costo delle attività svolte, pari a 50 -EURO (IVA escl.) a campione.

Contattaci per un preventivo dedicato o per avere maggiori informazioni sul nostro servizio. Infatti, a causa della complessità di alcune matrici, ci si riserva un preliminare studio sulla matrice da indagare per valutare la fattibilità dell'analisi ed i costi.  

A seconda dell’arrivo del campione presso il nostro laboratorio, considera da 2 - 4 settimane per l'invio dei risultati per posta elettronica. Per valutare le tempistiche per il processamento di volumi importanti di campioni si invita a contattarci preventivamente.

*****, il costo può variare in funzione della complessità della matrice e da richieste particolari del cliente. Contattaci per un preventivo personalizzato.

Un esempio dell’APPLICAZIONE del DNA Verity TEST® .

Cosa c'è nella tua tazza di tè? (De Castro et al. 2017).

Ad oggi gli infusi acquosi (tisane), ossia preparati con piante essiccate (foglie, frammenti e polveri) vengono ampiamenti utilizzati dai consumatori per diverse proprietà benefiche sia di natura fisiologica che farmacologica. Un’accurata definizione dei composti presenti nelle confezioni risulta essere molto importante sia per il consumatore ma anche per le aziende produttrici e per le autorità di controllo. A causa della natura frammentaria del composto vegetale non è spesso possibile identificare la specie di appartenenza descritte nella confezione.

In questo caso si è applicato il DNA Verity TEST® che è stato in grado di caratterizzare e confermare la tipologia di specie vegetale presente nelle tisane di tè verde/nero vendute sul mercato italiano. Dai risultati ottenuti si è osservato che un paio di aziende non hanno fornito prodotti autentici (presenza di contaminanti e/o assenza alcuni degli ingredienti elencati nell’etichetta).

Per leggere il lavoro completo clicca qui o se hai curiosità contattaci ad info@dnatech-spinoff.it

Referenze

CBOL, Plant Working Group. 2009. A DNA barcode for land plants. Proc Natl Acad Sci USA 106: 12794–12797.

De Castro et al. 2017. What is in your cup of tea? DNA Verity Test to characterize black and green commercial teas. PLoS ONE 12(5): e0178262.

Hollingsworth P.M. 2011. Refining the DNA barcode for land plants.  Proc Natl Acad Sci USA 108 (49) 19451-19452.
iBOL. 2021. International Barcode Of Life. DNA Barcoding. A tool for specimen identification and species discovery. https://ibol.org/about/dna-barcoding/ (accesso Aprile 2021).

 Kress W.J. 2017. Plant DNA barcodes: Applications today and in the future. J Syst Evol. 55: 291-307.